Atlético Madrid

Hernández menyertai kelab belia Atlético Madrid dari CF Rayo Majadahonda pada tahun 2007 semasa beliau berusia sebelas tahun.[7][8] Pada 9 November 2013, ketika masih remaja, beliau telah dipanggil oleh pengurus Diego Simeone untuk menghadapi perlawanan La Liga menentang Villarreal[9] tetapi beliau tidak digunakan dalam aksi itu yang berlangsung pada keesokan harinya.[10]

Hernández melakukan penampilan sulungnya pada 26 April 2014 untuk pasukan simpanan Atlético ketika menentang Real Sociedad B dalam aksi Segunda División B yang berakhir dengan kekalahan 0-1.[11] Beliau juga muncul dalam tiga perlawanan berikutnya pada musim itu apabila pasukan beliau hampir-hampir berada di zon penyingkiran. Beliau juga menandatangani rundingan baru dengan kelab pada bulan Jun yang berlanjutan sehingga tahun 2018.[12]

Hernández melakukan kemunculan pertamanya untuk pasukan pertama pada 3 Disember 2014 dengan beraksi selama 90 minit ketika menentang CE L'Hospitalet dalam kempen Copa del Rey yang berkesudahan pasukannya menang 3-0.[13] Kemunculan sulungnya dalam divisyen pertama Sepanyol pada 21 Disember apabila beliau menggantikan pemain Guilherme Siqueira pada lewat permainan semasa pasukannya membenam Athletic Bilbao 4-1.[14]

Pada 10 Ogos 2015, Hernández telah memperbaharui kontraknya sehingga tahun 2019 dan beliau telah progres ke skuad utama.[15] Penampilan pertamanya dalam saingan Liga Juara-Juara Eropah pada 15 Mac 2016 apabila beliau menggantikan pemain tercedera, Diego Godín pada masa tambahan dalam pusingan 16 sewaktu menentang PSV Eindhoven.[16] Seterusnya, beliau juga tampil pada aksi final Liga Juara-Juara dalam keadaan yang sama tetapi pasukannya tewas kepada musuh tradisi, Real Madrid menerusi penentuan penalti di San Siro pada 28 Mei.[17]

Pada 6 Ogos 2016, Hernández telah melanjutkan kontraknya bersama Atlético sehingga 30 Jun 2020.[18] Beliau telah memainkan peranan penting semasa musim 2016-17. Hernández telah beraksi dalam 22 perlawanan sepanjang kejohanan pada musim itu. Daripada 20 perlawanan itu, beliau telah diletakkan ke dalam kesebelasan utama.

Hernández menjaringkan gol pertamanya pada 19 Januari 2019 ketika menewaskan Huesca 3-0.[19]

Pada 27 Mac 2019, Atlético mengesahkan bahawa Hernández akan meninggalkan kelab pada musim panas tahun 2019. Di samping itu, Atlético telah mengesahkan bahawa pihak mereka telah menawarkan kontrak lanjutan kepada Hernández tetapi beliau memutuskan untuk menandatangani kontrak dengan kelab Bundesliga, Bayern Munich. Atlético juga menyatakan kelab Jerman itu mengaktifkan klausa pelepasan Hernández bernilai 80 juta euro.[20] Semasa beliau melakukan ujian kesihatan yang dijalankan oleh staf perubatan Bayern, kesan cedera di ligamen kolateral medial pada bahagian lutut kanan Hernández telah dikesan. Kecederaan itu memerlukan rawatan pembedahan. Pada 28 Mac 2019, beliau berjaya menjalani pembedahan pada lutut kanannya. Pembedahan itu telah menamatkan tempoh Hernández bersama Atlético.[21]

Hernandez beraksi dalam 14 perlawanan La Liga dan menjaringkan satu gol. Dalam semua kejohanan, beliau telah beraksi dalam 22 perlawanan dan menghasilkan satu gol.

Pada 12 Oktober 2019, bekas jurulatih Hernández di Atlético, Diego Simeone berkata dalam satu temu ramah bersama akhbar Marca bahawa pemergian pemain pertahanan itu ke Bayern sangat menyakitkan.[22]

Bayern Munich

Pada 27 Mac 2019, Bayern Munich mengumumkan bahawa Hernández akan menyertai kelab itu pada 1 Julai 2019 dengan satu rekod perpindahan kelab (termasuk memecahkan rekod perpindahan Bundesliga) bernilai 80 juta euro dan beliau telah menandatangani kontrak itu selama lima tahun sehingga tahun 2024.[23][24] Beliau melakukan penampilan sulungnya untuk Bayern pada 10 Ogos pada pusingan pertama DFB-Pokal menentang Energie Cottbus sebagai pemain gantian pada minit ke-89.[25]